El elegir ciertos Pokémon para que sean exclusivos de una edición de tal manera que a la otra le sea imposible conseguirlos sin intercambio, ya es costumbre en los juegos Pokémon al estilo RPG, Pokémon Mundo Misterioso no es la excepción puesto que en sus dos ediciones distintas: Equipo de Rescate Azul para el Nintendo DS y Equipo de Rescate Rojo para la GameBoy Advance utiliza el mismo mecanismo.

Pokémon exclusivos de Pokémon Mundo Misterioso Equipo de Rescate Azul
Magikarp	Gyarados	Lapras	Aipom	Porygon2	Minum

Pokémon exclusivos de Pokémon Mundo Misterioso Equipo de Rescate Rojo
Porygon	Mantine	Feebas	Milotic	Roselia	Plusle

El número de Pokémon exclusivos de cada edición es un poco ridículo puesto que solo son 6 Pokémon que no se podrán obtener de 386.